La Maestría en Gestión Ambiental fue concebida con el propósito de proporcionar una formación de alto nivel en la gestión ambiental y los procesos para el desarrollo sostenible, profundizando la enseñanza en el desarrollo teórico, tecnológico y profesional, para la investigación científica y búsqueda de soluciones a los problemas que genera el desequilibrio del ecosistema de la región, ampliando así el estado del conocimiento en las áreas interdisciplinarias que involucran los estudios ambientales.
La Maestría fue aprobada por el Consejo Superior de la Universidad Nacional de Misiones el día 20 de Octubre del 2008 (Resolución CS Nº 064-08) y modificada posteriormente mediante Resoluciones CD Nº 076-10 y CS Nº 035/10.
Comenzó a dictarse luego del reconocimiento oficial provisorio del título otorgado por la CONEAU y por el Ministerio de Educación en 2011.
En agosto 2016 se acreditó la carrera por seis años según Res. CONEAU Nº638/16, y en mayo 2018 el Ministerio de Educación otorga reconocimiento oficial y consecuente validez nacional al título de posgrado MAGISTER EN GESTIÓN AMBIENTAL a través de la Res. Nº 1308/18.